Mit Klasse 11 (G9) beginnt für die Schülerinnen und Schüler des Gymnasiums die Oberstufe. In dieser Gelenkklasse werden die Kurse für die beiden Jahrgangsstufen (Klasse 12 und 13) gewählt.
Sowohl Schüler als auch Eltern werden im Rahmen von Elternabenden und Informationsveranstaltungen in die Anforderungen und Wahlmöglichkeiten eingeführt. Trotz Einzügigkeit und kleiner Klassen ist es der Schule ein Anliegen, ein möglichst breites Spektrum an Wahlmöglichkeiten zu bieten. Wir legen uns deshalb nicht generell auf bestimmte Fächer fest, die gewählt werden können, sondern überlassen es dem jeweiligen Jahrgang, sich zu den bevorzugten Kursen zusammenzufinden. Außerdem besteht eine Kooperation mit dem Theodor-Heuss-Gymnasium in Mühlacker, um bei den sogenannten Leistungsfächern auch einzelnen Schülerinteressen gerecht werden zu können. Die Schülerinnen und Schüler haben an der JCBS auch die Möglichkeit, an einem Seminarkurs teilzunehmen, durch den sich unter anderem im Abitur das 5. Prüfungsfach ersetzen lässt.
Die Klassen 12 und 13 sind in vier Halbjahre aufgeteilt, für die jeweils ein Zeugnis ausgestellt wird. Die Noten aus diesen Halbjahreskursen ergeben zusammen mit den zentralen schriftlichen und den mündlichen Abiturprüfungen die Abiturnote.